L'origine del centro abitato è da ricollegarsi alla costruzione del castello sulla collina, edificato per ordine dei conti Cortesi, propietari di un gran numero di terre nei dintorni di Ancona.
I Cortesi, originari della Germania, avevano nello stemma un falcone coronato con le ali aperte, da qui dunque il nome Falconara.
Secondo altri studiosi il nome della città deriverebbe dall'esercizio nella zona, della caccia al falcone molto diffusa nel Medioevo.